うっかり消してしまった後、何だったか思い出すのに一苦労したのでメモ。
ちなみに.htaccessの置き先はwp-adminディレクトリ。
中身は以下の内容。横着して全角使っているのでコピペは不可、念のため。

＜Files upload.php＞
AddHandler application/x-httpd-phpcgi php
＜/Files＞
＜Files update.php＞
AddHandler application/x-httpd-phpcgi php
＜/Files＞
＜Files update-core.php＞
AddHandler application/x-httpd-phpcgi php
＜/Files＞
＜Files plugin-install.php＞
AddHandler application/x-httpd-phpcgi php
＜/Files＞

アップデートに関係するphpをcgiで動かすことでsafe modeの制限を突破する方法ね。
オフィシャルな解説はXREAではこの辺り、CORE SERVERではこの辺りに。